Существующая система налогообложения, включающая прямые и косвенные налоги, платежи и сборы, не смотря на постоянное совершенствование, не решает целый ряд проблем. Свои проблемы существуют и в системе взимания налога на добавленную стоимость. Каждый из налогов должен являться надёжным регулятором налогов юридических и физических лиц (прямые налоги), и решать фискальные задачи пополнения государственного бюджета (косвенные налоги, в том числе и НДС).
В созданной налоговой системе преобладает косвенное налогообложение. В рамках этой системы постоянно происходит совершенствование всех параметров и процедур взимания налога на добавленную стоимость. К основным проблемам НДС относятся:
- финансовые;
- юридические;
- административные (организационные);
К финансовым проблемам относятся: высокая стоимость итоговых сумм НДС. Для крупных предприятий они иногда становятся достаточно большими, а для мелких предприятий и индивидуальных предпринимателей становятся просто не посильными. Взимание таких больших сумм серьёзным образом тормозит развитие всех форм бизнеса в стране. Это связано с серьёзным уменьшением оборотных средств и непомерному росту издержек. Особенно это сказывается в период кризиса или трудностей в экономике в целом или конкретной отрасли.
Стремление к постоянному совершенствованию налогового законодательства в плане совершенствования системы определения налоговой базы НДС, оформления и представления деклараций создаёт большое количество административных и юридических проблем для всех предприятий, не зависимо от их объёма и финансового состояния.
Систематическое введение новых форм отчётности или изменение существующих, вызывает неразбериху в бухгалтериях организаций налогоплательщиках. Это приводит к появлению системных ошибок при оформлении соответствующих документов, задержек при сдаче требуемой отчётности, и как следствие получение штрафных санкций предприятиями и предпринимателями от налоговых органов. После наложения этих санкций начинаются длительные разбирательства с привлечением большого количества сотрудников, как со стороны налогового органа, так и со стороны предприятия или даже с привлечением сторонних организаций.
Регулярные изменения, вносимые в Налоговое законодательство, требуют от сотрудников юридических служб компаний и предпринимателей постоянно отслеживать появляющиеся изменения. Это влечёт за собой дополнительные трудовые и материальные затраты для предприятия.